Posta fuori dalle mura di Assisi, la Chiesa di San Damiano è il luogo della conversione di San Francesco, nel quale ascoltò la voce del Crocefisso che gli diceva le parole “Va’ e ripara la mia casa”, e dove Santa Chiara visse per 42 anni e morì. Originariamente priorato benedettino (documentato dal 1030), la chiesa è ad una navata, con volta leggermente ogivale e coro profondo. Conserva la finestrella dalla quale San Francesco gettò via i soldi rifiutati dal prete di San Damiano per il restauro della chiesa.

In una cappella si trova un Crocifisso Ligneo (l’espressione del volto cambia secondo il punto d’osservazione), intagliato da Fra Innocenzo da Palermo nel 1637. Il coro ligneo del 1504 copre in parte una finestrella attraverso la quale le Clarisse comunicavano e davanti alla quale venne fatto passare il corpo di san Francesco quando dalla Porziuncola fu portato in Assisi.

Nella sagrestia vi è il semplice coro dove si trova quello che al tempo fu il leggio di santa Chiara. All’altare, Crocifissione, affresco di Pier Antonio Mezzastris nel 1482. A sinistra si vede un piccolo vano nel quale, secondo la tradizione, si rifugiò Francesco inseguito dal padre.

Nel chiostro affreschi di Eusebio da San Giorgio (1507). Nel Refettorio rettangolare, a volte basse, simile ad una cripta, con banchi e tavoli originali: una croce e un vaso di fiori indicano il posto occupato da Santa Chiara.